De opening van het STAM vormt een mijlpaal voor de Bijlokeabdij, de start van nieuwe fase in een eeuwenlange geschiedenis die in de 13de eeuw begon.
cisterciënzerabdij
De oudste vleugels van de Bijlokeabdij zijn voorbeelden van vroege 14de-eeuwse baksteenarchitectuur in onze gewesten, met 13de-eeuwse relicten van Doornikse steen.
De centrale gebouwen van de Bijlokeabdij zijn geschikt rondom een binnentuin en een kruisgang wat overeenstemt met het typegrondplan van (cisterciënzer)abdijen. Eén van de bekendste ruimtes in de abdij is de refter. Deze is overdekt met een houten spitstongewelf en voorzien van 14de-eeuwse muurschilderingen.
Deze cisterciënzerinnenabdij ontstond toen in 1228 het Mariahospitaal, oorspronkelijk ingericht in een woning nabij de Sint-Michielskerk, werd overgebracht naar de Bijlokemeersen. 
800 jaar lang, afgezien van enkele onderbrekingen en hervormingen, stonden de zusters in voor het bestuur van de abdij en hospitaal, en de ziekenverpleging. In de 17de eeuw werd de abdij in noord-oostelijke richting uitgebreid met wat later het klooster zal worden.
oudemannenhuis en klooster
In 1797 werd de abdij afgeschaft en verlieten de zusters de Bijlokesite. Ze keerden enkele jaren later terug en namen hun intrek in de 17de-eeuwse uitbreiding van de abdij, vanaf dan 'Bijlokeklooster' genoemd. De overige abdijgebouwen deden tussen 1805 en 1911 dienst als oudemannenhuis.
oudheidkundig museum en klooster
In 1913 kocht de stad Gent deze abdijgebouwen om er het Oudheidkundig Museum in onder te brengen. Wat volgde was een – soms zeer ingrijpende – restauratie. 
Daarbij kwam ondermeer het interieur van de abdijrefter opnieuw aan het licht. De stuczoldering van Pieter Marijn – in de refter aangebracht in 18de eeuw – werd verwijderd en ondergebracht in daarvoor speciaal bijgebouwde nieuwe zaal ‘1715’. Er volgden nog meer dergelijke historiserende constructies. Een nieuw toegangsgebouw werd opgetrokken, met als centraal element (de reconstructie) van de voormalige toegangspoort van het Sint-Elisabeth-Begijnhof. In 1928 opende het Oudheidkundig Museum er de deuren.
culturele vzw's
De zusters verlieten het Bijlokeklooster in 2001. 
Vanaf 2002 werden op de eerste verdieping diverse culturele vzw’s gehuisvest. De benedenverdieping werd gebruikt als tentoonstellingsruimte, onder meer voor de tentoonstelling ‘Gent Morgen’.
stadsmuseum
De abdij– en kloostergebouwen ondergaan momenteel een grondige restauratie in functie van de inrichting van het nieuwe Stadsmuseum. Eind 2007 werd begonnen met de afbraak van enkele recente bijgebouwen en begin 2008 ging men van start met de bouw van het nieuwe toegangsgebouw ontworpen door stadsarchitect Koen Van Nieuwenhuyse.
