L'ouverture du STAM est un grand moment pour l'abbaye de la Bijloke, le début d'une nouvelle ère dans sa longue histoire qui a débuté au XIIIe siècle.
L'abbaye des religieuses cisterciennes a été fondée en 1228. Les bâtiments principaux entourent un jardin intérieur et un cloître, selon le plan traditionnel des abbayes (cisterciennes). L'une des salles les plus célèbres de l'abbaye est le réfectoire aux murs ornés de fresques du XIVe siècle.
Pendant près de 800 ans, les religieuses ont assuré la gestion de l'abbaye et de l'hôpital, ainsi que les soins aux malades. L'abbaye a été abolie en 1797 et les religieuses ont quitté le site de la Bijloke. Revenues quelques années plus tard, elles se sont installées au couvent de la Bijloke, l'extension de l'abbaye construite au XVIIe siècle. Les autres bâtiments abbatiaux ont servi comme « hospice pour vieillards » entre 1805 et 1911.
En 1913, la Ville de Gand a acquis le complexe abbatial. Lors de sa restauration – très approfondie, à certains égards – de nouveaux bâtiments de style historique ont été ajoutés à l'ensemble. En 1928, le Musée d'Archéologie et d'Histoire y a ouvert ses portes. Les religieuses ont définitivement quitté le couvent de la Bijloke en 2001.
Depuis 2002, plusieurs organisations culturelles se sont installées au premier étage, tandis que le rez-de-chaussée servait de salles d'exposition.
Actuellement, les bâtiments abbatiaux et conventuels sont restaurés en profondeur en vue de l'installation du STAM. Fin 2007, quelques bâtiments annexes de constructions récente ont été démolis, et début 2008 a démarré la construction du nouveau volume d'accès, un projet de l'architecte municipal gantois Koen Van Nieuwenhuyse.